Lykillinn að því að Fiskkaup geti tryggt viðskiptavinum bestu vöruna og stöðug gæði allt árið um kring er að ráða yfir eigin skipum. Með því er tryggt framboð á því hráefni sem þörf er á hverju sinni og um leið að meðferð aflans sé af þeim gæðum sem óskað er.

Fiskkaup eiga og gera út beitningavélaskipið Kristrúnu RE-177 og krókaaflamarksbátinn Jón Ásbjörnsson RE-777. Afli báta félagsins er áætlaður tæp 3.500 tonn á ársgrundvelli.